林智堅的論文案在去年九合一大選期間鬧得沸沸揚揚，他也因此退出桃園市長選戰，專心捍衛清白。他為了洗清嫌疑，數度召開記者會說明論文相關爭議，而余正煌指控，林智堅去年7月24日、8月9日在民進黨部的記者會中，引用指導教授陳明通的聲明，提到是因為余正煌面臨畢業年限壓力，但論文計畫不理想，想要換題目，他才將林智堅的論文資料提供給余正煌，2人的論文內容才會雷同。
余正煌否認林智堅的說法，批林顛倒事實，不僅提刑事自訴指控林違反著作權法，也向台北地檢署控告林加重誹謗。
雙方數度隔空交火，台北地院今年6月安排調解，雙方調解近3小時，林、余更單獨對談40分鐘，最終達成和解，並透過律師發出共同聲明，內容提及雙方已當面充分溝通，化解歧見，林智堅願就台大碩士論文一案造成社會紛擾深感抱歉，並對余正煌及其家人造成諸多困擾深感不捨。
林智堅也在聲明中坦言，過去在媒體上針對余正煌的批評，並不恰當，誠心希望今日雙方調解成立後，雙方之一切回歸正常並順心如意。林同意捐款30萬元給公益團體，余也同意撤告，雙方不再就此案提出任何訴訟。
由於誹謗罪為告訴乃論罪，余正煌撤告後，北檢今將全案偵結，予以林志堅不起訴處分。
