蕭旭岑表示，北京論壇是國際知名學術論壇，今年是20週年，邀請前日本首相鳩山由紀夫等重量級貴賓，與會的都是大學校長與學者；另外，今年7月馬英九基金會邀請北京大學等5所大學師生來訪，北大書記郝平當時就邀請馬英九基金會率領學者參加。
他指出，此行純為學術上的交流，他也未見過國台辦等人士，包括東吳、文化2位大學校長，以及9位國內學者等人，都隨同馬英九基金會參加北京論壇，完全扯不上政治，「問問這些校長學者就知道了。」
至於爆料人士向本刊指出，侯辦對於蕭赴中事前完全不了解細節，也無從得知蕭回台後，會丟出馬支持全民調的主張，但能理解中方及台辦系統希望在野陣營整合，「但整合方式，應該從黨內先尋求共識，怎麼會是在協商階段，就先呼應柯陣營主張，反而釀成內部歧見擴大，以及藍營縣市長的表態大戰。」
對此，蕭旭岑回應，侯辦人士的理解根本荒謬，把學術活動誤認成台辦，但為了藍白合大局，他會相忍為黨，但還是請侯辦的朋友多惡補一下大陸事務的常識。
