電子選民登記冊故障約半小時，港府決定除補回投票時間外，還延長額外投票時間1小時。據《明報》報導，香港選管會主委陸啟康否認為推高投票率，強調是為確保選舉有序、公平舉行，未見任何因素影響這次選舉的公平性；陸啟康也稱目前仍在調查事故原因，暫無證據顯示系統受網路攻擊。
然而，2021年立法會選舉也發生過，個別投票站因電力或網路問題，影響電子選民登記冊系統，當時暫停投票3至22分鐘不等，但當時選管會僅補回相應的投票時間，並未額外延長投票時間。因此面對此次選管會的決定，港大社科院前院長卜約翰（John Burns）希望當局能解釋背後邏輯。
據《自由亞洲電台》報導，北京對香港區議員選舉目標為30%投票率，然而此次在民主派全缺席的情況下投票率僅27.54%、119萬人投票，與正值反送中運動的2019年投票率高達71.23%，兩者足足差距3.8倍，再以2015年未受任何社會事件影響的選舉相比，當時投票率也有47.01%。
港媒均注意到，原先政府依慣例會在投票開始後公布每小時投票率，但詭異的是直至19時許電子選民登記冊出現故障，官方20時許宣布改用傳統選民登記冊印刷版派發選票；但官網公布的每小時投票率僅顯示至19時30分，有24.53%人投票，至今（11日）凌晨2時都未公布整體投票率，直至7時才公布。
綜合《香港電台》報導，香港行政長官李家超今日對於系統故障表示高度關注，責成選舉管理委員會成立專責小組調查，3個月內提交報告；李也聲稱，區議會選舉圓滿成功舉行，並形容是一場高品質選舉。李家超昨日受訪時強調，完善地區治理體系後的區議會選舉，選出的區議員都是愛國者，不會背叛香港及國家利益。
港澳辦今日發聲明，認為是一次公平公正、熱烈有序的選舉，並向明年元旦日履任的新任區議員提出五個善於的期許，包含善於為民眾辦實事和履職盡職上下工夫；港澳辦也直指，這次區選必將為香港特區完善地區治理、提升為民服務，進一步為夯實由治及興社會基礎注入強大動能。然而，港澳辦聲明隻字未提投票日電腦故障事件。
除了港澳辦發聲明祝賀以外，駐港國家安全公署指出，選舉結果充分表明，不斷完善「一國兩制」制度體系，有國安法治為特區民主發展重回正軌保駕護航。而中聯辦也表示，選舉有力貫徹「愛國者治港」原則，開啟香港特區地區治理新篇章。
