邱臣遠在代理新竹市長1年5個月期間,因出國8次被封為「出國遠」,如今又被爆出官架子大、重排場,據傳邱出席活動常要求近10人隨行,甚至連隨扈、秘書與官員都需排隊等候。其中最受爭議的指控,是有一名女員工不滿邱臣遠要求除了特定行程外,皆須派人隨侍在側,更曾直言「就連我上廁所都要跟」,她認為此言行已構成性騷擾,感到受辱並開始秘密蒐證。高虹安復職回歸市府後掌握相關情資,火速將該女員工調職以達成職場隔離,並啟動申訴程序。
面對指控,邱臣遠並未對外做個人回應,僅透過市府發言體系表示,市府內部申訴管道透明暢通,對任何案件都會秉持保護當事人的立場,依法依程序嚴謹處理。邱臣遠擔任立委期間,曾於2023年遭前助理指控摸手、打量身材,邱雖曾提告但敗訴,直到2025年10月,雙方才達成和解,女方聲明指控是「誤會」為邱洗白。
地方人士解讀,隨著高虹安二審大逆轉復職,邱臣遠爭取新竹市長的路斷,轉而考慮參與年底的竹北市長選舉,引發民眾黨內部的角力與不滿,在竹北市長提名民調前夕,針對邱臣遠的負面爆料接連而出,被外界視為黨內廝殺已到白熱化階段,恐將重創其黨內地位與選民觀感。
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