陳菊2024年12月因流感缺席監察院年度巡察行政院會議，在高醫接受治療順便安排例行性健康檢查時，發現右側腎臟有約3.5公分腫瘤，醫生建議進行早期介入治療，隨後安排精密達文西機械手臂手術，術後恢復良好，原計畫術後3至5天出院，卻在住院前一天出現右下肢無力症狀，經檢查發現左側腦血管阻塞，之後就持續住院療養。 陳菊請假期間，民眾黨立委黃國昌抨擊她每年有65天休假可請，請完以後再申請延長病假，認為現行制度下政務官請假缺乏明確規範，狠酸：「是因為監察院是肥貓院，有沒有院長都沒差？」監察院人事室主任劉佳慧解釋，陳菊因公職年資較深，每年享有約30天休假，並可依法申請事假與病假，1年原則上可以申請65天，使用完上述假別後，才會請延長病假，且新年度假別將重新計算，她強調，整體請假程序均依規定辦理。
據人事行政總處「政務人員給與表」，監院院長每月月俸＋公費總計約36萬920元，陳菊因病請假均依「公務人員請假規則」等相關規定辦理，每月薪資均自願放棄支領，月初即繳入國庫；以13個月計算，共計約新台幣469萬1960元。
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