根據《共同社》、《讀賣新聞》報導，日本政府相關人士8日證實，中國外交部副部長孫衛東已於7日深夜就卓榮泰訪日一事致電日本駐中大使金杉憲治，表達不滿與抗議立場。
對此，金杉憲治在通話中向中方說明，日本對台灣問題的既定立場並未改變。日本政府官員對外則保持低調，僅強調卓榮泰此行屬於「私人行程」，因此不予置評。《讀賣新聞》指出，自1972年台日斷交以來，現職行政院長訪問日本相當罕見，此行應為斷交後首例。
面對媒體詢問，行政院長卓榮泰8日回應表示，此行是利用休假期間進行的「自費私人活動」，強調此行除了為台灣隊加油，「沒有其他目的」。
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