面對國民黨頻頻質疑，卓榮泰則表示，「此行是自費且私人的活動，唯一安排就是跟國人一起為Team Taiwan加油」。今（9日）王鴻薇表示，已去文要求行政院、華航、松指部等提出說明，包含專機支付款項、價格、是否為公務行程等。
除了國內在野黨緊追議題外，中國也提出抗議，綜合日媒《讀賣新聞》、《共同社》報導，中國外交部副部長孫衛東7日晚間隨即致電日本駐中國大使金杉憲治抗議，金杉憲治則重申日本對台灣立場不會改變。今日本內閣官房長官木原稔在例行記者會表示，此次台灣相關人士訪日時並未與日本政府人士有接觸，且台灣方回應此行是「私人行程」，因此不便多作評論。
藍委徐巧芯今接受網路節目《中午來開匯》訪問表示，在美國總統川普訪中、日本首相高市早苗訪美前提下，她認為，現在台灣外交優先地位被擺比較後面，且中國抗議似乎比較有效，日本沒有回應「等於打了我們一個冷巴掌」，徐也質疑，高市臨時以中東戰爭為由，其實是擔心遇到卓院長，這在心靈情感上也有點受傷。
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