陸委會指出，該法將「反獨」與「促統」視為一體，賦予法律懲戒可能性，顯示北京對台策略已由過去以《反分裂國家法》為代表的「防守紅線」，轉向更積極推進，甚至不排除將法律適用範圍擴及境外，構成「跨國鎮壓」風險。陸委會並表示，目前相關案例已逾百例，對台分化及「軟硬兩手」策略，將是2026年須密切關注的國安情勢。
對此，中國國台辦發言人陳斌華表示，《民族團結進步促進法》旨在築牢中華民族共同體意識，推動民族團結與國家發展，具有重要意義。他強調，兩岸同胞同文同種，屬於命運共同體，未來將持續深化兩岸交流合作，增進台灣民眾的民族與國家認同。
針對外界質疑，陳斌華批評民進黨當局混淆視聽、誇大風險，目的是恐嚇台灣民眾、製造寒蟬效應；同時重申，對於台獨分裂勢力及破壞民族團結行為，將採取必要措施，依法予以懲治。
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