根據現行中央各機關實務規定，公務員申報加班費設有嚴格上限，原則上每月最高僅能申報20小時，超出部分多數只能選擇補休，僅有公務車駕駛、長官辦公室幕僚、國會與新聞聯絡等特殊職務，在經由專簽核准後才能放寬限制。全國公務人員協會指出，雖然《公務人員保障法》第23條明定，法定辦公時間以外執行職務者，機關應給予加班費、補休假或平時考核獎勵；然而在現行實務上，各機關常常以「預算受限」為藉口，強迫同仁以補休替代加班費，最後卻又因業務繁忙無法真正落實補休，導致公務員形同做白工。
針對公務員協會的訴求，主計總處在回函中澄清，各機關在編列年度加班費預算時，都是依照《各機關加班費支給辦法》及《勞動基準法》等法規，按實際業務需要核實編列，主計總處本身並無就加班費的編列及執行另訂任何限制規定。主計總處進一步說明，如果各機關在年度執行過程中，發現原先編列的加班費預算確實不敷使用，各機關依法本來就可以在該年度的「相關人事費科目」項下進行內部調整因應，並非全然沒有彈性。
主計總處強調，若是各機關經過內部科目調整後，仍有請增加班費的實際需求，各部會與機關大可循正規的預算程序提報行政院。行政院將會綜合評估該機關的業務實際需要，並參酌該機關以前年度的預算執行情形，同時衡量國家整體的財政狀況，提供必要的協助與處置。
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