食藥署27日公布中聯油脂案調查報告後，在野黨仍追究政治責任，台北市長蔣萬安甚至再次拋出倒閣主張。陳時中表示，此次事件從中央到地方都投入大量人力，「不管是中央地方都人仰馬翻」，行政作業從未停歇，也同步推動修法，希望盡快補強制度，完善食安管理，盼望「政治歸政治、專業歸專業」，現階段最重要的是專注於專業工作，盡力把事情做好、做完整。
食藥署日前宣布19批油品符合規定，可重新上架，引發部分地方政府不同看法。高雄市長陳其邁直言「執行上地方會有困難」，衛生局又要下架、又要查廠，「我就每天在那邊上架下架、上架下架就好了」。蔣萬安則透露，行政院日前邀集六都首長討論《食安法》修法時，陳其邁曾當場詢問20％標準是由誰訂定，現場一度無人回應。
對此，高雄市政府回應表示，陳其邁當時只是就食安風險管理提出專業意見，並無外界所稱「發飆」情況，認為蔣萬安的說法屬於去脈絡化的片段轉述，並不妥當。