私立醫協評估，這次《醫療法》修法將影響到全台共73家醫療財團法人醫院，醫療財團法人的醫院僅占全台醫院的11％，但提供的病床數卻占總病床數32％，申請醫療費用支出占比近41％，顯示私立醫院提供醫療服務並非都是牟私利，對社會沒貢獻。
一位醫界高層批評，撇開經營績效來看，在醫療服務品質項目上，媒體調查民眾信任的前幾大醫院裡，長庚醫院名列前茅，「反觀衛福部經營的署立醫院卻不受民眾信任，為什麼經營好的好學生反要被經營差的壞學生管理？這不是很矛盾嗎？」
吳明彥直言，主管機關衛福部本就有權撤銷醫院董事資格，甚至勒令解散董事會，「更令人不解的是為什麼董監事不能互任，持股也不能有投票權？企業經營醫院並非都是賺錢的，像許文龍接手奇美醫院前身逢甲醫院時，逢甲快倒掉，是靠他背書借款才存活下來的。」吳明彥說。
醫界對衛福部透過修法介入醫療財團法人也非完全贊成，前台大醫院副院長王明鉅就曾公開質疑，衛福部端出的政策如育兒百寶箱、國家級實驗室都遭外界批評，實在沒資格對於經營績效較好的私立財團法人醫院下指導棋。
