黃芳彥出身南投草屯，一家5個兄弟都是醫師，他從台大醫學系畢業後，曾任台大醫院麻醉科主任、副教授，並在1990年參與籌建新光醫院，後來擔任該院副院長兼麻醉科主任，為台灣醫界做出不少貢獻。
黃芳彥與扁家的淵源，要追溯到1985年，當年前總統陳水扁的夫人吳淑珍因車禍轉送台大醫院，黃是吳的麻醉醫師，手術後的復健，也由黃擔任物理治療師的妻子負責，因此促成2家深厚的交情。
陳水扁當選總統後，黃芳彥獲聘出任總統醫療團召集人，2002年，SARS疫情爆發時，黃則接任國軍松山醫院總指揮，深獲陳水扁器重。
不過，黃芳彥在陳水扁卸任後捲入洗錢案，2008年11月飛往美國，開啟了長達12年的異鄉生活。老友說，黃的後半生看似愜意，妻子病逝後，也有紅粉知己相伴，但他也因洗錢案背負許多罵名，心中有滿腹委屈。73歲的黃芳彥如今客死他鄉，家屬選擇低調，不辦公祭及告別式，希望靜靜送他最後一程。
