新北地檢起訴書指出，輔仁大學成立「輔仁診所」是為了「輔大附設醫院」來做預做準備，但礙於法規，輔大決議將診所屬性變更為「輔大附設診所」，以符合校方附屬機構編制規定。
然而江漢聲沒有依照決議執行，反而找來曾在輔大醫務室工作的詹姓醫師擔任診所負責人，以私人名義申請醫療機構開業。江漢聲也在2007年至2009年間，三度以「醫學院學生臨床技術學習相關活動」「學生醫學服務學習活動經費」等名義，向輔大請款、挪用，共借得400萬元，造成輔大無法掌管帳冊、帳務正確，相當於挪用校產。由於是以私人名義開設，不算附屬單位，以借貸名義請款不符相關規定。
此外，輔大診所在2015年陸續遭國稅局追稅，又被輔大追討借款，資金捉襟見肘，江漢聲遂涉嫌與前輔大附設醫院醫院籌備處醫療事務組林姓組長、輔大醫學院前洪姓行政副院長合作，以限制性招標優勢，指定委託案外包給輔大診所，獲取250萬元不法利益；這250萬元除了用來支付醫師薪資及醫院相關支出外，其中90萬則是拿來償還積欠輔大的款項。
後輔大稽核室發現帳務異常，向調查局北機站告發，案件偵辦時，江漢聲等人否認犯行，而檢方不採信，24日依背信罪起訴3人。
輔大校方晚間發出聲明回應表示，「輔大診所是輔仁大學為了籌設輔大醫院而設，籌備輔大醫院過程均依法令規定辦理，經董事會與教育部多次調查，並無涉及任何中飽私囊之情事。」
校方表示，輔大診所是輔大所有，也是董事會確認的事實，「豈有自己背信圖利自己之荒謬情事」。校方強調，輔大診所的活動都是為了輔仁大學，絕無挪用校款，也批檢方所稱的相關事實並非江漢聲校長任內發生，「顯見檢方所稱事實係屬跳躍性拼湊。」
校方認為媒體所載與事實不符，也特別澄清他們絕無虛設任何活動，且也有充分證據可以提供佐證，「無奈檢方堅不採信，深感不平。」
輔大校方聲明
輔大診所是輔仁大學為了籌設輔大醫院而設，籌備輔大醫院過程均依法令規定辦理，經董事會與教育部多次調查，並無涉及任何中飽私囊之情事。
對於外界與檢調誤解之事，說明澄清如下：
- 輔大診所為輔仁大學所有，董事會已於第19屆第12次會議決議再次確認此一事實，豈有自己背信圖利自己之荒謬情事。
- 輔大診所的成立及所有活動都是為了輔仁大學，所有費用均由輔大診所自己展業營收負擔，並無欠款，更為輔大創造收入，絕無挪用校產。
- 依媒體報導，檢方所指摘者，並非在江漢聲校長任內發生，顯見檢方所稱事實係屬跳躍性拼湊。
- 社區醫療服務為醫療機構唯一的宣傳方式，全國皆然，輔大醫院2017年開院前自然也需要做大規模社區醫療服務，輔大特別委託自己的輔大診所協助輔大醫院執行社區醫療服務，服務人數規模及場次都高於採購案規格需求，且全案均合法驗收，媒體所載與事實不符。
- 輔大醫學院確實有執行醫學院學生活動，絕無虛設任何活動，學校皆有提供充分證據加以佐證，無奈檢方堅不採信，深感不平。
