據《聯合報》報導，張善政受訪時被問到對於林智堅論文事件採取比較保守的態度，與他在擔任中華大學客座教授有關。張善政說明，最近一期擔任中華大學榮譽講座教授，聘書是資訊電機學院發的，在之前則是科技管理系、資訊學院特聘講座教授。張善政透露，榮譽講座教授不支薪，只是一學期到學校演講一次、領個車馬費而已，他認為既然學校看得上他的專長，他很樂意去演講。
被質疑不批評林智堅的論文風波，張善政表示這是基於2個理由，第一點是從學術研究的角度來看，他認為林智堅在論文門呈現的事實不夠清楚，因此他難下斷論。其次，他之前就說過，就算林的論文真的有問題，他也希望這場選舉是君子之爭，他不會去挑毛病說林做過什麼不好的事情，不會因人設事，純粹看對方端出什麼牛肉，讓選民論斷這個好或不好，讓選民有個選擇。
儘管他並未對林智堅的論文事件多做批評，仍被質疑他放任旗下側翼去攻擊、抹黑林智堅。對此張善政喊冤，強調他根本沒有什麼側翼，也沒有什麼抹黑或指使誰去抹黑對方的情況，重申只想君子之爭；同時他也呼籲林智堅，應該將論文事件交代得更清楚一些，因為這是學術界該有的普遍要求。
