柯文哲日前接受日媒《NHK》專訪，不過在聊到敏感的釣魚台主權問題時，他表示台灣的漁民不是要爭這塊土地，而是希望能在那邊捕魚。此番言論也引起爭議，質疑柯文哲是否忽視台灣主權。
柯文哲今拜訪日本「國際問題研究所」智庫，會後受訪提及此事表示，他跟日本的外務省在談這個問題，傳達「先解決我的民生問題，那個有爭議的後面處理」，柯文哲表示，自己去蘇澳漁港的時候，漁民抱怨捕魚受到很多限制，包括被驅趕或罰錢等，所以說他認為能不能先解決民生問題。
至於會不會擔心這番言論遭到台灣民眾質疑，沒有表態釣魚台的主權是台灣的？對此，柯文哲重申，自己的態度是，有爭議的後面處理，沒有爭議的先處理，他也認為不要一直為了主權，讓台灣的漁民不能去捕魚，這更嚴重，直呼「先解決現在的問題，以後的問題以後再解決」。
