第3季將分為兩部推出，第1部自10月起每週播出，第2部則將於2027年4月起推出。悠木碧（貓貓）與大塚剛央（壬氏）回歸主演，並加入上田麗奈飾演神秘新角色「白娘娘」，以及深受眾多觀眾喜愛的角色將回歸。新一季的故事將不再侷限於後宮，並延伸至市井街道，貓貓與壬氏也將面臨全新的考驗與挑戰。
《藥師少女的獨語》故事講述一名對毒藥與藥物著迷、機智過人的藥師貓貓。她遭人綁架後，被賣進皇帝後宮成為宮女，原本只想低調度日，然而憑藉好奇心與醫藥專業，她一次又一次被捲入神秘中毒事件、疾病及其他宮中疑案，並展開調查。她的才能很快引起壬氏的注意，這位外貌俊美、身分神秘的後宮宦官也因此與她產生交集。
第3季接續第2季結尾，壬氏真實身分為皇帝的弟弟一事曝光後，貓貓回到市井中的煙花巷，重新過著藥師的生活。然而，壬氏很快便因「足以威脅國家的災禍徵兆」而煩惱，一名神秘女子的傳聞也開始在國內引發動盪。
《藥師少女的獨語》改編自Hyuganatsu創作、Touko Shino繪製插畫的輕小說，全球累積銷量已突破5,700萬冊。第3季由Akinori Fudesaka執導，Norihiro Naganuma負責整體系列，Yukiko Nakatani以Shino的原作設計為基礎擔任角色設計。音樂由Satoru Kosaki、Kevin Penkin及Alisa Okehazama共同創作。動畫由OLM製作，並由「The Apothecary Diaries Project」製作。
