該教會神職人員向本刊記者私下透露，這幾年總會由保守派掌權，一些自由多元的聲音開始被消音。90年代，該教會默許同志牧師的存在，但這幾年開始，台灣神學院（長老教會的神職人員養成學校）在面試時會逼問應考者是不是同性戀。支持同婚的義光教會執事、歌手朱約信分析教會內的氣氛：「支持台獨是愛台灣、反核是愛台灣，但對教會的人來說，支持同性戀婚姻跟愛台灣沒辦法直接畫等號。」
也有信眾認為：「長老教會支持台獨，是基於一個家父長的心態，我要解救殖民地，但同性戀他們就無法接受了，我可是一個陽剛威權解救別人的父親耶…。」隨著同婚爭議白熱化，內部一向多元聲音的長老教會也開始串聯反彈。
基督教社群裡挺婚姻平權的牧師大多是來自長老教會，例如，12月3日公聽會上主張：「教徒不該把自己的信仰強加在他人身上」的陳思豪牧師、近日在蘋果日報上呼籲教會從歷史裡取得教訓的盧俊義牧師。明年四月總會開會將對同婚議題進一步表態，而教會內部認為，4月的總會可能會造成教會的分裂，這不是特例，美國聖公會今年初便因同志議題而分裂。
同樣的「雜音」也出現在傳統的天主教社群，立院包圍事件後，天主教的青年對教會掌權者的沉默態度不滿，青年教徒設計一份問卷在社群間流傳，目前已累積上千份，青年教徒與內部自由派企圖以這份問卷對教會施壓要求表態。
