瞿海源在司改國是會議上動恕拍桌、不准委員提臨時動議，有法官得知後向本刊表示，如果法官在法庭上拍桌暴怒，一定會被以態度不佳被移送評鑑，而瞿海源主持的這一組，討論的主題之一就是法官及檢察官評鑑，但主持人不是法官也不是檢察官，不會因為拍桌而被評鑑，顯得格外諷刺。
檢察官是司法官還是行政官的法律定位問題，法務部認為，依據憲法及大法官解釋，檢察官很清楚是司法官，而民間司改會與高院法官林孟皇則力推讓檢察官成為行政官，雙方為此各自角力。司改會派一再直指稱法務部故意用環保議題、程序問題拖延，不想要討論檢察官定位，陳瑞仁認為這說法對檢察官不公平，因為法務部也希望早點討論，而且分組委員也因此議題產生緊張關係，因此決定在今(12日)的會議中提臨時動議，對檢察官定位問題立即討論，不論決議是什麼，大家都會接受，並已先用電子郵件通知其他委員。
對於陳瑞仁的提案，瞿海源馬上請陳瑞仁不要提動議，強調事先已請陳瑞仁不要提，如果還是要變更議程，他就辭職不幹了，陳瑞仁隨即說，會這樣提案，是要化解委員間的緊張關係，瞿海源立即回嗆說：「你不是化解，你是在製造問題。」
陳瑞仁則詢問，是不是有人附議？瞿海源更火大，隨即拍桌說：「本人辭職不幹！你這樣，會到底是不是要繼續開下去？」並對陳瑞仁說：「為什麼要提動議，我事先就拜託你不要提，我希望你撤動議。」瞿海源並對一旁的法務部長邱太三說，這會議很難主持，法務部推薦的人一直在杯葛。
陳瑞仁隨即表示撤回提議，但強調希望趕快討論，瞿海源怒氣未消，現場一片寂靜，瞿海源接著說：「今天把話說清楚，這個小組從組成就有問題，我做主席很困難。」他說，如果評鑑案沒有結果，檢察官定位不能談，這小組要解散了。接著，經邱太三部長勸說下，瞿海源才坐下繼續主持，並針對檢察官及法官評鑑機制進行長達4小時討論，關於檢察官定位，今日僅先由法務部報告，留待下次開會再決議。
陳瑞仁在會後說，對於提臨時動議沒有被採納，他尊重主持人瞿海源；瞿海源則說，自己確實動怒，因為議題順序都是大家先前同意的，這次討論不完的，順延到下次，如果把檢察官定位提到前面，其他議題就往後延，這樣討論不完，後來陳瑞仁隨即撤回議案，他也就沒有必要再生氣。瞿海源說，他生氣的事媒體可以不用報導，應該要報導今日通過人民可以直接要求評鑑法官及檢察官的這項重大決議。
