檢察官查出，2006年蔡正元擔任阿波羅投資公司負責人，協助處理國民黨黨產後，明知阿波羅公司僅是中影公司股權交易的股東名義人，於2006年9月間受領中影公司5.8億餘元減資款時，以信託及投資為名，挪用其中的4.3億餘元。
檢方認為，蔡正元又在2010年7月16日上開信託契約到期後，將上述信託款項匯入阿波羅公司指定帳戶，提出後購買個人不動產、投資股票、外匯及繳納個人信用卡費用，共計將信託款1.3億餘元侵占入己，不法所得共計3.7億餘元。
另外，蔡正元已懷有身孕妻子洪菱霙，也被檢察官認定涉案，約談到案後已被以300萬元交保，限制出境、出海、住居，雖然蔡正元向法官說，交易案完全公開透明，沒有隱藏，檢察官認為，蔡正元涉嫌重大，又有海外資產，最近又有赴中國工作計打算，加上仍有證人未到案，有逃亡及串供之虞，向法院聲請羈押禁見獲准。
蔡正元說，檢方對他的指控，都是他擔任黨職及公職時期的事，都發生在10幾年前，過那麼久才辦，顯然是政治力迫害，對於檢方指他會逃亡，蔡正元說，自己經常出國，每次都有回來，海外資產並非最近才有，赴中國工作的事還沒確定，蔡正元強調，妻子即將生產，檢方卻將他聲押，他無法接受，台北地院今（18日）晚間11時25分裁准。對此，蔡正元的律師魏憶龍表示，這剝奪蔡正元陪伴妻子待產及看小孩出生的權利，將提出抗告。
