司改國是會議於4月24日的分組會議中決議，負責終審個案的最高法院法官由現有74位減為14位，司法院長提3倍人選，經遴選小組刪去3分之1後，再讓總統從28人中圈選出14位出任，經媒體報導各界質疑這是政治干預司法，若加上司改國是會第四分組將討要將檢察官司法屬性改為行政官，有法官與檢察官更是質疑總統想藉此以政治力掌控整個司法體系。
對於外界質疑總統在最高法院任命新制中擴權，司法院祕書長呂太郎指出，既然社會對此有疑慮，司法院因此對分組決議提出修正意見，希望從遴選委員的多元性加強，選任的過程，原本是總統可以從人選中2選1任命，修改為以具備多元民主性組成遴選委員會，由司法院長提出應任名額2倍人選，由遴選委員會選出應任人選，最後由總統任命，總統無實質選任權，僅有形式上的任命權。
司法院祕書長呂太郎表示，司法院是針對分組會議的決議提出的修正意見，最後的結果仍要在8月12日的總結會議中決定，此外，被總統蔡英文視為重要司改議題的人民參與司法制，將來是採參審制或陪審制，由於在分組會議中，表決均無共識，司法院將另提「國民法官」制，在總結會議中討論出適合我國的人民參與司法制度。
