知情人士透露，總統府祕書長吳釗燮日前多次召開跨部會會議討論此事，包括漁業署、農委會、交通部、教育部、海巡署與國安會都派員出席。
府方原本以為育英二號偏離航道，誤闖釣魚台12海浬海域，但事後經過航跡圖證明，實習船航線雖稍有偏移，但距離釣魚台還有13海浬，只能算「擦邊球」，而且育英二號是廣義的商船，按照國際法屬於無害通過，就算偏航也不受12海浬的限制。
知情人士表示，毫無威脅的學生實習船竟引起日方高度關注，唯一能解釋的，僅有因為與中國海警船無線電通聯，引發其他聯想所致。會中就有人建議「以後中國海警船通聯不要理會」，但遭與會的專家反對，認為此舉更加不妥，因為育英二號屬於白色船身的公務船，若對無線電無反應，埋著頭往前衝，反而更易遭誤以為「行跡可疑」，恐引發更大危機，最後決議「育英二號未來出發前都要先通報，讓外交體系可以事先掌握」。
