洪孟楷說，由中國科學院、財政部、國家自然科學基金委員會等機關支持的中國高等科學技術中心，吳茂昆從2010年4月開始擔任該中心顧問委員會「凝聚態物理」顧問，期間橫跨他擔任東華大學校長期間，但該機關介紹網頁在今年3月悄悄無效，根本此地無銀三百兩。
洪孟楷表示，在蔡政府上台後的2016年10月19日，吳茂昆還到北京參加中國科學院高能物理研究所「實用化高溫超導材料產學研合作組」成立大會，並擔任該合作組顧問委員會委員，而且根據當年新聞資料顯示，該合作組會議計畫每3個月召開一次，因此他合理懷疑吳茂昆已經至少到過對岸參加5次會議，這5次是否接受對方招待、報酬？
洪孟楷進一步指出，中國科學院是中國政府的一級研究機關，其下設置的高能物理研究所是受前中國總理周恩來指示辦理，是一個不折不扣的中國官方學術機關，吳茂昆應解釋為何會擔任顧問？
洪孟楷質疑，行政院長賴清德是否明知吳茂昆的情況，仍然任命他擔任教育部長？還是吳茂昆沒有報告賴清德？這就是欺瞞長官，有必要出面向國人說清楚幾明白。
洪孟楷強調，國民黨支持兩岸學術交流，但當民進黨以放大鏡檢視台大校長當選人管中閔時，也應該以相同標準檢視所有部長，如果沒有說明清楚就不應該上任。
