吳茂昆指出，教育部從來沒有干預大學自主，台大校長是遴選而非選舉，遴選就是希望遴選委員選出最好的人擔任校長，來領導台大，這個人選有很多標準需要被檢視，但目前很多事證看來，遴選過程並不完備，違背遴選委員會自訂的學術誠信原則。
對於已經有台大校長遴選候選人表態不選，吳茂昆表示，這顯示遴選有問題，否則為何不選？如果認為選舉很正當，為什麼不回來選？仔細看候選人、前清華大學副校長吳誠文的聲明，如果遊戲規則做的更完美更完備就會回來，另外前中研院副院長王汎森則是沒有說明為何不選，顯示對這件事情的失望。
吳茂昆進一步表示，當然會尊重大學自主，但教育部要求整個遴選過程更完備，遴選就是要選出好校長，針對所有候選人，訂出公平公正的遊戲規則，我當年就是參加台灣第一校長遴選，那也是清華大學第一次遴選校長，是很不一樣的過程。最後吳茂昆強調，學術沒有真正的民主，遴選是大學自治。
