根據《聯合報》報導，九合一選後我國與日本關係日趨緊張，除了國安高層與駐日代表處屢有摩擦，有外交部官員透露，東京方面一直覺得與蔡英文當局沒有順暢的溝通管道，且台日間政策方面多由國安高層負責，駐日代表謝長廷也表示，外館只是執行單位，政策都由台北定案。
外交部今（22日）也證實，郭仲熙將調回台任職台灣日本關係協會祕書長，而原祕書長張淑玲則外派駐橫濱辦事處長。蔡明耀今也表示，自己將於3月赴任。
針對有媒體指稱，郭仲熙遭撤換不符慣例，有僑界人士更為他抱屈，外交部說明，因橫濱處長陳桎宏今年1月已屆齡退休，處長一職目前由僑務組長王東生暫代，之後將由原祕書長張淑玲接任；已退休的駐史瓦帝尼公使蔡明耀則以政務公使身分派任駐日副代表，外交部強調，此波人事是由外交部長吳釗燮與駐日代表謝長廷交換意見後的「最佳人力組合」。
外交部發言人李憲章表示，蔡明耀外交資歷完備，熟悉對日關係，過去也多次駐日，並擔任台日協秘書長，未來以政務公使身分派駐日代表處，可協助謝長廷處理對日工作。前外交部任祕書長蔡明耀去年7月屆齡退休，但因前駐史瓦帝尼大使陳經銓生病，蔡明耀接受政務公使任命代理館務，直到梁洪昇接任駐史國大使。
