2000年3月21日，台大土木系大一學生張振聲打籃球時因不明原因倒地，台大健康中心第一時間卻只有護士處理，發現張振聲已無呼吸心跳後才通報校醫，最後送往台大醫院搶救，至今仍是植物人，由家人全天照顧。
蕭秋勇時任台大校醫，張振聲父親張文振質疑，蕭在兒子倒地後20多分鐘才到場，更沒有進行CPR搶救，導致錯失搶救黃金時間而對他提出告訴。張文振更因太過悲痛，對於校方作為更十分不滿，在社群論壇PTT上貼出大量控訴文章，最後因文章數過多而被禁止，成為PTT上的禁忌。
蕭在該事件後離開台大，前往當時的台北縣衛生局擔任課長，此後又到板橋、石碇等地擔任衛生所主任。
2010年，蕭秋勇任職石碇衛生所主任時，被爆出詐領健保費後支領獎勵金，遭開罰2萬元並記過，他付出5萬元公益捐後，台北地檢署給予緩起訴，調任三芝至今。
但在2012至2014年，蕭秋勇曾開給多名病患過量管制藥物「佐沛眠」，該藥有良好安眠效果，但9成病患有戒斷症候群，因具成癮性而被列為四級毒品，最高日用量為1天1顆，蕭秋勇最高卻開給病患一天40粒，明顯超出常規。
這個離譜行為直到2015年才被發現，新北市衛生局認定蕭秋勇長期為病患處方管制藥品，導致病人有成癮風險，更未積極轉介至精神專科醫療院所治療，被以《醫師法》第25條懲處12萬元及30小時的額外教育，但他的主任大座並未受到影響。
