此外，北醫指出，萬芳醫院並未租用螺旋刀，也是採合作經營。北醫表示，萬芳醫院為發展精密癌症放射治療，於2012年採公開招標方式，在無須支付租金的前提下，徵求精密放射治療設備合作經營廠商，經北醫聯合採購會議決標，與華霖公司簽約，過程完全公開透明且符合規定，相關指控與事實不符。
北醫另外強調，君蔚樓總樓地板面積為1050.01平方公尺，依政府頒布的工程造價表推估的金額為1千9百多萬元。但因為建築工程採鋼骨及特殊玻璃帷幕工法建造，工程經費5千3百多萬元，約為法定工程造價的2.75倍，屬建築業認可的合理範圍。
該樓的水電空調、消防工程、室內裝修、稅務及管理費共4千多萬元，工程總造價為9千4百多萬元。該案採公開招標，有3家廠商參與投標，經北醫興建工程暨採購委員會聯席會議決議，由具甲級營造資格的公司得標，造價並未偏高。
北醫另外指出，因校務發展迅速、校內空間不足，因此在2016年8月向台灣大哥大公司承租既有建物，作為大安校區，承租前已確認建築物的消防及建物安全均檢查合格。
去年4月，北醫接獲台北市政府都發局建管處通知，才發現大安校區19樓屋頂層存有違章，事後立即要求台哥大公司限期拆除，後經台哥大委託建築師補辦申請，已於今年8月取得使用執照，目前是合法使用。
北醫表示，大安校區承租空間共5347.38坪，每月租金每坪1,400元，低於台北市基隆路該區域的市場行情，另外，承租範圍包括地下共6層的停車空間，可停放約600部汽機車。由於承租面積龐大，因此每月租金總計8百多萬元、年租金總計1億5百多萬元，應屬合理。
北醫強調，董事會依「財團法人臺北醫學大學捐助章程」及相關法令規定，每屆改選董事成員20%，所謂「萬年不變董事會」的指控，純屬虛構。董事會還曾主動於2012年9月25日訂定「臺北醫學大學董事及監察人行事準則」，規範董事與監察人權責，嚴禁任何利益勾結，希望提升學校聲譽及對社會的貢獻。
北醫也指出，近3年來員工總數從7,893人，成長至今8,652人，且持續延攬卓越醫師及醫護人員。醫師從1,240人成長至今達1,507人，護理人員從2,768人，成長至今3,073人，毫無醫護人員「離職潮」之事。
