海關沒入加熱菸引發爭議，法界人士指出，目前耳聞國內的加熱菸相關訴願案就多達7、8個，將在2、3、4月陸續開庭，預計最快年中會有一審判決出爐。
「政府一方面認為加熱菸不能直接比照傳統紙菸進口，一方面又要比照紙菸列管，乾脆請主管《菸害防制法》的國民健康署、主管《菸酒管理法》的國庫署到法庭上一次說清楚：『你們認為，加熱菸到底是什麼？』」該人士說。
事實上，根據衛福部與財政部召開的「加熱式菸草產品管制規範會議」會議紀錄中，就可明顯看出兩大主管機關尷尬立場。
財政部在會議中坦言，由於缺乏禁止進口的法令依據，海關查扣加熱菸頻遭民眾質疑，已有旅客提出聲明異議，如果時間拉長導致查扣產品變質，恐衍生國賠等問題，希望衛福部評估公告「加熱式菸草不得製造、輸入或販賣。」
衛福部卻回過頭稱即便將加熱菸納入《菸害防制法》管理，也只能管制其廣告、促銷、吸食等行為，反倒《菸酒管理法》的主管機關是財政部，「加熱菸是否可以申報進口，仍應由主管機關（財政部）依據權責法令判斷。」
對此，財政部則提醒，因為《菸酒管理法》只能禁止進口「私菸」及「劣菸」，並無法禁止取得菸酒進口業許可執照的業者進口；幾番來回後，最終才決定由衛福部先發函要求財政部禁止加熱菸進口。
身為前政務官，環保署前署長符樹強直言，政府確實應該給民眾一個交代，因為加熱菸原料與傳統紙菸相同，都是菸草，「要嘛同時禁止傳統紙菸跟加熱菸，否則不能剝奪對民眾危害相對較小的選擇。更何況，連財政部長都在立院坦承，確實是在缺乏法源依據下查扣加熱菸。海關還是根據去年『加熱式菸草產品管制規範會議』函文執行扣押。」
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