不過，楊雅喆在一週內寫完《金魚》初稿劇本後，因趕拍其編導的電影《血觀音》，未參與第2、第3稿劇本，而《金魚》的劇情也從漫畫裡超現實世界中大人與小孩的世代戰爭，延伸到政治意識與階級對立。
雖然導演王登鈺與製片陳怡菁十分滿意第2稿聚焦於一個落魄父親懷念女兒的故事，但因修改後的內容和最初申請輔導金的劇本差異太大，評審召開評選會議後表示比較喜歡初稿的故事，王登鈺只好將劇本修回接近楊雅喆寫的版本，電影配樂則由與他合作多年的創作歌手雷光夏打造。
《金魚》全片製作費約350萬元，除輔導金250萬元，其餘均由王登鈺、陳怡菁自掏腰包。陳怡菁坦言，台灣動畫短片尋找資金不易，王登鈺更透露兩人在電影製作期間也未支薪。
但2人透露，之後《金魚》發展長片將以第2稿的故事為藍圖。王登鈺指出：「長片需要非常清晰的角色關係，比較容易帶動觀眾繼續看下去，短片則著重描寫在情境或事件，角色相對比較模糊。」陳怡菁也強調，若長片被框在在兩岸政治的框架下，的確會衍伸某些層面的問題，「我希望它是一個比較國際性的議題，這樣也更容易走出國際。」
