陳建仁口中讓他「驚嚇到無與倫比」的報告，指的就是世界頂尖醫學雜誌《新英格蘭醫學期刊》（New England Journal of Medicine），在2月12日所刊登的〈台灣新型冠狀病毒本地傳播感染案例〉一文，該報告由台灣彰化基督教醫院急診醫學部團隊發表。
陳建仁說，SARS本身傳染較有限、致死率高，而武漢肺炎人對人的傳染力卻遠高於SARS病毒，因此感染者絕大部分都屬於輕症或沒有症狀，重症或死亡只占少數；而台灣在疫情爆發初期也一直在問一個問題：輕症會不會傳染？直到看到中部醫院發表在《新英格蘭醫學期刊》的報告、以及指揮中心內部疫調的資料發現，確診病例的症狀即便很輕微也會傳染，「說老實話，我們的驚嚇是無與倫比」。
「現在還不是鬆懈的時候！」陳建仁說，他每天去教堂都祈禱，台灣當前的防疫工作可以備而不用，雖不曉得敵人何時要來，堡壘必須先做好，而不是敵人來了才築牆；一旦武漢肺炎流感化，抗疫的二隻腳就是醫療體系與武器，前者指要先準備醫學中心、應變醫院的能量，若病毒大規模傳播，屆時輕症需要隔離，重症再去醫院治療即可。
此外，「武器也要備妥。」陳建仁說，抗疫必須像羅馬武士一樣，要握有「盾牌跟劍」，盾牌是快篩工具，劍則是抗病毒藥物及疫苗，但現在只有「很重的盾牌」（中研院已開發出15分鐘快篩工具，但尚未量產），至於由美國吉立亞藥廠研發的瑞德西韋，除了在中國展開臨床實驗，台灣也將進行臨床實驗，他建議這些藥不能只給病危的人，也要給輕症的患者，因病人在醫院一待可能就是45天，吃藥後或許能縮短至5天就痊癒，兩者相比，防疫及醫護照顧就差了9倍，「重症用藥是救命，輕症用藥則對防疫有幫助。」
他並以2009年4月墨西哥發生H1N1流感為例，指當時台灣即因準備好快篩跟藥物，最後死亡率是全世界倒數第三，成績僅次日本跟比利時。台灣現階段在官民合作下已有藥物、疫苗的初步成果，但必須加快腳步研發這些「武器」，才能做好長期抗戰的準備。
