上午8時57分，賴清德車隊抵達總統府，賴與妻子吳玫如下車後由新任總統府祕書長蘇嘉全迎接進入總統府，賴隨即在敞廳等待1分鐘後抵達的蔡英文車隊，當蔡進入府內，賴隨即跟在蔡身後步行進入就職儀式會場。
宣誓就職儀式唱國歌時，蔡英文、卸任副總統陳建仁都開口唱完，不過當畫面帶到賴清德時，他並沒有張嘴唱國歌，接著，眾人向國旗暨國父遺像三鞠躬。
許宗力監誓下，蔡英文高舉右手宣讀就職宣誓誓詞：「余謹以至誠，向全國人民宣誓，余必遵守憲法，盡忠職務，增進人民福利，保衛國家，無負國民付託。如違誓言，願受國家嚴厲之制裁。謹誓。」
賴清德接著上台，也高舉右手宣讀就職宣誓誓詞：「余謹以至誠，向全國人民宣誓。余必遵守憲法，效忠國家，如違誓言，願受國家嚴厲之制裁。謹誓。」
完成宣誓後，由立法院長游錫堃依《印信條例》規定將「中華民國之璽」及「榮典之璽」國璽以及總統印信授予蔡英文，並將副總統印信授予賴清德，完成相關程序後，府前鳴放21響禮炮。
總統就職儀式告一段落，進行行政院長蘇貞昌、總統府祕書長蘇嘉全、國安會祕書長顧立雄宣誓就職程序，並由蔡英文監誓，三人高舉右手宣讀誓詞：「余誓以至誠，恪遵國家法令，盡忠職守，報效國家，不妄費公帑，不濫用人員，不營私舞弊，不受授賄賂。如違誓言，願受最嚴厲之處罰，謹誓。」
就職儀式告一段落後，蔡英文、賴清德送陳建仁及其夫人羅鳳蘋離開總統府，而府內同仁也在敞廳鼓掌歡送陳建仁，陳建仁雙手合十向府內同仁致意後搭車離去。
上午10時蔡英文將前往台北賓館發表就職演說，這次總統副總統就職儀式因應防疫，不但室內座位安排都保持社交距離，且現場工作人員也都戴著口罩。
