關於疫苗這件事情上，柯文哲表示，一定會支持中央政策，有些疫苗要用不同溫度儲存，有的要打1劑、打2劑，各種打法，坦白說「台灣禁不起太多系統」。
他坦言，我們不像美國大國家幾億人口可以分區執行，打太多種疫苗的話系統行政成本太高，相信以前那些同事，不管流行病學、公共衛生、感染科專家也很清楚，他原則上都會支持，看到不對會舉手，「但在打疫苗這件事，服從中央指揮，這樣就好了。」
針對部分國家的疫苗政策排除65歲以上老人施打，柯文哲認為，醫療人員一定優先，還有公共接觸人員、教師等和民生運作有關的人員，再來按照年紀去分，一定年紀大先打，年輕人染疫大部分撐得過去，但老人死亡率相對高，不知其他國家戰略，但如果是他受的訓練，應由老人優先，相信其他專家的SOP應該也八九不離十。
