郭珍弟90年代初開始投入影像創作時，作品多為紀錄片，但後來也執導公視人生劇展長片、編寫劇本。2000年，郭珍弟以《希．音拉珊》入圍台灣國際紀錄片雙年展國際競賽影帶單元，隔年又以《清文不在家》入圍金馬獎最佳紀錄片，兩部作品都與蘭嶼達悟族原住民有關，也看到她作品中的人文關懷。
2003年推出的紀錄片《跳舞時代》由郭珍弟與簡偉斯共同執導，影片從流行音樂文化的角度切入台灣日治時期的1930年代，也看到台灣當時豐富多元的文化樣貌，以及認同的矛盾。獲選為2014年高雄電影節開幕片的《海上情書》，是郭珍弟與夫婿柯能源共同執導的紀錄片，描述一艘遠洋漁船從高雄出海前到返鄉之間的各種過程，以及一趟出海3年來船員們的心情與生活。
郭珍弟表示，拍攝紀錄片多年來，讓她養成觀察各種細節的習慣。「對於因果的理解，不像一般人，會更謹慎小心。有些人把『因為』、『所以』想得很簡單，以為理所當然。但如果靠得很近、仔細觀察，會發現其中有許多微妙的關係，和我們所想像的不太一樣。」
拍攝紀錄片的過程中，郭珍弟有時會感受到當事人面對真正的衝突，不見得能完全在鏡頭前與觀眾分享，尤其觸及某些內在深處的糾結的時候。因此當她想傳遞的訊息不適合、或很難透過紀錄片表達時，她也會改以劇情片的方式呈現。
