陳時中指出，指揮中心在本島飛往金門、馬祖、澎湖的5個航站設立篩檢站，登機旅客需填寫14天內有無症狀之健康聲明書，若14天內有症狀就要接受快篩，呈陽性者不能登機，陰性則可上飛機，若在現場就有症狀者禁止登機，如此便能達到全面篩選目的，離島就不用另行規定；並指出離島自設篩檢站已違法，將發函撤銷其公告。
據《ETtoday》報導，楊鎮浯對此回應，昨（5/31）立法院在審查紓困條例時的附帶決議裡，清楚要求「在台灣通往個離島的機場及港口都必須設置快篩站，全面篩檢」，並經朝野各大黨團一致簽名通過，但中央執行方式並非如此，質疑中央是早已習慣在文字上著墨，「還是與老百姓對文字的理解不同」，楊鎮浯直言沒料到所謂「全面篩檢」是這樣的方式、定義，與全民認知有很大的落差，痛批「立法院各大黨團所做的決議文書到底還有沒有它的效力。」
楊鎮浯表示，昨天第一時間就提出抗議，目前黨團也在跟指揮中心溝通，但由於現行做法與決議有明顯落差，所以3個離島還是會按照既定步驟來做，但也強調不會違背中央法令，會在自我體系內尋找可加強密度、強度的方式，讓旅客確實配合篩檢。
