科技部「人文及社會科學研究發展司」表示，該部「傑出研究獎」分為「基礎研究類」與「應用研究類」，部裡遴聘委員，會考慮其學術成就聲望、研究專長領域、公正性與客觀性，
而「傑出研究獎」分初審、複審、部級決審等三階段審查，相當專業、公平，每一個學門的獎項，絕非單一審查委員可以自行決定，整個審查機制設計，就是為了避免由少數人影響最終結果，或審查偏頗、流於主觀等情形出現。
至於被控「低階高審」的孫憶明副教授，係以「業界人士」代表，獲聘為2019、2020年「科學教育領域」複審委員（共17名）。副司長賴瀅宇強調，孫委員之專長領域包括：數位學習、資訊工程及科技應用於教育領域，由他協助參與審查「科學教育領域」候選人之研究成果於科學教育實務應用之貢獻，並共同票選推薦獲獎人，以進入下一階段之審查作業，並無不當。
此外，針對投訴本刊的教授質疑，孫憶明參與南京市政府某計畫，可能是涉及國安疑慮的「千人計畫」地方版。對此，科技部表示，歷年評選委員，無一涉及「千人計畫」，並未違反陸委會與教育部相關規定。
