本次元旦升旗三軍儀隊操演時，被網友發現柯文哲獨自一人站在貴賓區面對表演，後方則是整排軍方人員，突兀畫面引起熱議，甚至被形容就像總統閱兵，也有人痛批根本是故意的，太不尊重人了。
對此，總統府發言人張惇涵表示，今年總統府元旦升旗典禮由5大醫事團體共同主辦，主辦單位加上領唱國歌的防疫英雄，在府內準備的人數已超過80人，基於防疫考量，決定將比照其他重要貴賓的方式，安排柯文哲先至活動場地就位，若有安排不周之處，請柯市長見諒，總統府也謝謝柯市長今日出席典禮。
北市府發言人陳智菡稍早則回應，柯市長非常守時，按照表定時間到達總統府後，就由工作人員引導到指定位置，後面也陸續有其他貴賓抵達，北市府也在媒體報導後收到總統府致意，市長了解辦理大型活動有諸多考量，希望大家在新的一年可以正向思考，也把焦點放在精彩節目內容，籌委會非常辛苦，市長不會在意。
