此報告引發北市府不滿，柯文哲14日在防疫記者會上酸監院是政治打手，稱防疫需要醫療專業，認為相關批評是口水戰；黃珊珊也表示，監察院的報告根本是針對台北市，痛批是在誤導視聽，沒有釐清事件本質。
監院今以新聞稿回應相關質疑，表示本案已善盡調查能事，好比外界指控北市府匡列接觸者鬆散一事，他們也明確表示無證據可證明，也沒發現有不符合《疫情調查及接觸者追蹤指引》之情事。監院強調，報告內容不會迎合外界指控，可受公評，有多少證據說多少話，清清楚楚還北市府一個公道。
針對柯文哲說「醫療是專業，不要找外行人來當打手」，監院回應，調查報告必須送請業管之專業委員會審查通過後，方正式移請相關機關檢討改善，有各領域專業之監察委員協助嚴密把關並提供相關意見，過程嚴謹且慎重。
被指不具醫療專業，監院強調他們檢討的是行政上的疏失，「另以黃副市長為例，其過去學經歷與防疫無關，本院尊重其基於法定職權而承擔之防疫職責，而監察委員亦獨立行使憲法賦予之調查職權」，呼籲不要用「打手」這類的情緒性字眼進行人身攻擊。
此外，黃珊珊說他們從來都沒有說過北農不是群聚，監院翻出柯文哲去年6月22日的疫情記者會，會中柯曾明確說過「從數據而言應是陸陸續續感染而『非群聚』」等語，監院報告是一字不改地引用北市府逐字稿。
而對於黃珊珊指稱疫調平台是中央設計的問題，監院指出疾管署於北農疫情爆發之初就持續提供資訊給北市府，黃珊珊也不否認此事，即使資訊系統未有跨縣市染疫者資訊，但透過台北區管中心提供之資訊，北市府仍應能進行疫調；制於被黃珊珊質疑只針對台北市政府，監院重申，「本院調查後係認中央與地方均有需改善之處，也要求疾病管制署檢討改進，並非僅針對北市府而來。」
