朱天文擔任侯孝賢導演電影編劇近40年，因此《願未央》《我記得》兩片的幕後班底包括攝影姚宏易、剪接廖慶松、黃芝嘉、配樂林強等都是侯導團隊出身，拍攝時，也採用侯導的工作方式。朱天文表示，紀錄片中採用她與妹妹朱天心、朱天衣唸父母書信、日記的形式貫穿，因為之前三姊妹都是白天忙完各自的事，到晚上相聚一起分享、討論，所以決定將此情景記錄下來時，也順著以往習慣，不刻意移到白天拍攝，反而保有原有的氛圍。
朱天文說，這種方式其實也是侯導訓練的。「因為侯導拍片，一定要把角色的24小時、生活動線、從早到晚幹什麼，搞得清清楚楚。愛怎樣就怎樣，那是偶像劇。侯導電影的人物一定是生活裡的時間，在日常運行裡安排，吃飯也有情緒。所以我們拍紀錄片也這樣，平常是怎樣就怎樣，維持原貌。」
拍攝時，侯導即使隨行，也不會表示意見。朱天文說，此次侯導的兒子侯甫嶽為影片側拍記錄，她只有看到侯導在團隊赴江蘇宿遷時，偶爾提醒侯甫嶽幾句，對於其他工作人員則幾乎完全不管，默默成為一股安定的力量。
