張善政2007年至2009年間，在農委會委託的研究案「農業電子化發展策略分析與規劃」中擔任計畫主持人，未料結案報告卻涉嫌抄襲國內外的期刊和網站，甚至還有來自農委會自己的資料內容。事後張善政稱該報告主題為向台灣農業研究單位介紹國外農業電子化新知，所以本就會引用、翻譯各類文獻，絕非抄襲，還聲稱因為有保密條款，至今仍未對外說明相關爭議。
然而，農委會9月接獲檢舉後，針對該份研究案報告完成初步檢視，9月16日公布結果，稱比對之後發現確實有疑義的部分，2008年到2009年間的研究報告共計23項疑義，報告內文與參考文獻／資料來源使用相同文字圖表、引述資料來源、未列參考文獻及參考文獻標示不明等樣態。
此外，農委會也以論文比對系統iThenticate®工具，就2007年之7篇國外農業科技發展現況研究報告、2008年的11篇國際資通訊科技應用報告與2009年的3篇國內農業科技發展規劃報告，總共21篇報告和學術期刊、網頁資料及博碩士論文進行比對，比對結果歸類與系統資料庫重複度高共計6篇。正式行文宏碁公司及本案計畫主持人張善政在9月30日前提出書面說明。
對此，宏碁以人事更迭，整理資料需要時間為由，向農委會提出展延期限至10月20日，獲得農委會同意。不過陳吉仲今上午出席立法院經濟委員會前被問及此事時透露，截至昨晚為止農委會仍未收到來自宏碁的說明。陳吉仲表示，若今天收到說明文件，下一步就會決定是否組成專案小組。
民進黨桃園市長參選人鄭運鵬也呼籲張善政出面說明相關爭議，並表示若連這個都無法說明清楚，怎麼讓市民相信他有管理能力？張善政今則回應，強調他是配合宏碁作業。據他了解宏碁會在期限前發出公文，他也請鄭運鵬發揮立委功能，督促農委會將宏碁回函公布出來。
