張善政在宏碁擔任副總期間，於2007年至2009年間，在農委會委託的研究案「農業電子化發展策略分析與規劃」中擔任計畫主持人，該案總經費5,736萬元，但卻被發現結案報告涉嫌複製貼上國內外期刊和網站。
農委會接獲檢舉後，比對研究報告並用論文比對系統檢視，21篇報告有6篇與系統資料庫重複度高。農委會分別行文宏碁公司與計畫主持人張善政提出書面說明。原先的期限為9月30日，但經宏碁要求，農委會同意展延至10月20日。
陳吉仲上午受訪時表示，截至昨晚都未收到相關說明，並表示若收到文件下一步就會決定是否組成專案小組。不過今下午農委會對外證實，已收到宏碁公司回覆意見，但沒有收到張善政針對疑義的相關說明。後續將依規定辦理。
張善政稱他已將研究案的資料交給農委會，也已配合辦理，批陳吉仲搞錯目標，不過農委會表示，在合約中乙方（指宏碁）跟計畫主持人有不同的責任義務，農委會是根據合約內容進行，因此才會要求宏碁與張善政分別都提出書面回函。
但張善政仍未給予說明，而是交由宏碁向農委會回覆書面資料。宏碁表示，該計畫案是在10餘年前執行，部分參考文獻已無法取得，針對尚能取得的部分，經過他們比對，所謂的重複情形多已於原報告所列參考文獻中核實。此外宏碁也表示，該計畫屬於專業服務結案報告，非學術研究報告，因此採文末羅列參考文獻，而非逐句逐段附註於頁末，此方法也在當時審查及驗收通過。
