在這部紀錄片開拍之初，蕭菊貞已確認要透過影像留住南迴全線電氣化前的身影，但她因緣際會認識許多鐵道員、司機員，「這讓我很興奮，想說，可不可以從鐵道員與司機員的視角去看這條鐵路。那時就去申請拍他們，開始一直跟拍，也跟維修鐵道的人，拍攝修鐵路。因為常在火車上跟司機員走，因此有段時間選用《南迴鐵道員》的片名向國藝會申請補助。」但拍著拍著，延伸更多人、內容更豐富，「拍到後面，也不是可以用《南迴鐵道員》可以涵蓋，所以必須修改片名。」
「改片名時，我一直想，要用什麼片名？我反問自己，讓自己感受最強烈的是什麼？就想到《南方，寂寞鐵道》。很多人喜歡這個片名，可是也有人半開玩笑問：『你這片名要不要賣片呀？會不會太感傷？』可是我在南迴線時常有那種感覺，因為除非是假日，或後來藍皮普快車即將停駛前那段時間，才湧進很多人，大多數時間，南迴線的人都不多。」
蕭菊貞曾在南迴線上的小站蹲點，往往一個下午只有2、3個旅客。她知道南迴線人真的很少，但又不能沒有它。「如果沒南迴線，就像很多鐵道人說，台灣環島線這個『圓』就少一塊，而且南迴還有國防的需求。過程中慢慢體會到南迴線是多麼特別的鐵道，不能沒有它，但它又那麼寂寞。」不過在有趣或是感人的人物、故事一個個出現，蕭菊貞對於南迴線又有另一番看法，她心中的南迴線自有特殊風情，而且充滿歷史，也許某些小站顯得寂寞，但整體來看絕不孤單。
