獨立記者缺少媒體集團做後盾，要隻身承擔法律責任，查證過程得更謹慎。李惠仁舉出：「拍《不能戳的秘密II：國家機器》時我收到很多資料，怕造假不敢使用，要不斷交叉比對，用客觀方式驗證、找證據，過程發現假設錯誤也要調整。」
紀錄片《不能戳的秘密》系列發展至今，最困難的是尋找願意公開談論議題的專家，國內多數學者因顧慮申請研究經費受阻婉拒受訪。為此，李惠仁遠赴法國世界動物衛生組織（WOAH）總部查證禽流感高、低病原性的定義，又飛往美國紐澤西羅格斯大學（Rutgers University）了解實驗室如何管理病毒與微生物，增加大筆費用，使《不能戳的秘密III：官官相護》總製作費超過600萬元。這兩年李惠仁靠接拍商業短片來填補，還首度申請文化部「紀錄片製作補助」獲300萬元，加上支持他理念的親友贊助，補足所需經費。
李惠仁認為紀錄片只能發現問題，解決問題該由握有公權力和資源的政府負責。他也以平常心看待作品後續發展，「影片能發揮多少影響力，要看運氣和時機。」即使無法改變現狀仍堅持不懈，因為唯有持續和更多人參與，公民社會的力量才會越強大。
