海鯤長70公尺、寬8公尺，潛航排水量2,500公噸，下潛深度約350公尺，比我海軍現在服役中的劍龍級潛艦多深潛50至80公尺，也比中共柴電潛艦下潛深度還要深。
海鯤艦體結構採高強度HSLA-80型鋼板，是中鋼為了潛艦國造計畫，自行研發、突破困難所生產的國產材料。海鯤外貌全黑，表面有多層特殊材質塗料，具抗銹蝕、降低聲納偵測等作用。
海鯤是柴電動力防禦型潛艦，以柴油發電機發電後蓄電於鉛酸電池，用電力帶動車葉潛航。
不同於海軍現有四艘潛艦的傳統十字型尾舵，IDS採取較先進設計的X型尾舵，今天也首度公開亮相，不過船尾車葉基於保密原則也以帆布遮蔽。黃曙光日前曾指出，X型尾舵靈敏度較高、迴轉半徑較小，有助提升潛艦機動性。台船董事長鄭文隆今也在典禮中掛保證：「X型尾舵是我們自己全部重新設計，性能絕對優於現役潛艦」。
