據《朝日電視台》報導，目前約有600噸沙丁魚死屍已在岸上，前幾天先用人力徒手清除，不過從本月12日起，已經動用怪手大量清除，預計能在年底前完成岸上的清除作業。但靠近岸邊的海中仍然還有500噸沙丁魚死屍，這些魚群屍體該如何清除，目前當局尚未決定處理方法。
由於大量沙丁魚死在岸上的畫面太過震撼，英國《每日郵報》一度質疑是日本在10月份排放福島核廢水，造成大量魚群死亡。對此，北海道當局否定這樣的說法，認為這是「錯誤情報」。北海道立函館水產試驗場專家藤岡崇表示，大量沙丁魚死在北海道岸上，可能是受到海豚等大型掠食者的追捕而靠近岸邊，最後更被沖上岸。
