就有日本網友開始討論事發當時的雷達回報，發現兩架飛機竟然在跑道上「十字型」交會。現場畫面也顯示，日航降落後，隨即撞上保安機頭，然後引發大型爆炸，日航的引擎明顯著火。
前日航機長、現為飛航評論員的小林宏之就對《朝日新聞》表示，他認為很有可能是保安機、日航機聽錯塔台指示，或者根本是塔台下錯指令，最後造成事故發生。另一名前日航機長杉江弘對《日本電視台》分析認為，事發當時沒有天氣因素干擾，也沒有機械故障問題，因此可以推斷是「人為疏失」的可能性最大。
另外也有不少網友認為，人為疏失應該是這次事件的主因，但至於是誰的問題，目前仍有待官方的進一步鑑定報告。不過日航強調，當時機長與塔台聯絡時，獲得「准許降落」的指令，並完成複誦程序，最後飛機也正常降落，機械也無任何問題。但就在飛機降落後，發生異常事故，機組人員隨即進行逃生程序，飛機也開放3個逃生口，最後完成所有逃生作業，機上379人全員成功逃生。
