金門地檢署指出，在接到通報後，隨即介入調查，海巡隊向地檢署表示驅離及大陸船隻翻覆的過程並無錄影紀錄，為還原案發事實，金門地檢署檢察官對海巡隊巡防艇的艇長及駕駛製作證人筆錄、調閱案發時海巡隊的通報紀錄、海巡隊撥打119的通聯、相關雷達影像等資料。另外，涉案的船隻及海巡隊巡防艇均已吊至陸地上存放，經檢察官會同書記官前往勘查並製作勘驗筆錄。檢察官勘驗巡防艇的結果，確未發現其上有固定之監視錄影器材。
金門地檢署表示，生還的2名陸籍男子，先由海洋委員會海巡署偵防分署金門查緝隊對其製作各3份調查筆錄，又經金門地檢署檢察官以證人身分對該2人製作各2份訊問筆錄，並命具結，目前對該2人部分已調查完畢，該2人均表示對海巡隊執法程序無意見。
死者家屬今日抵達金門後，金門地檢署檢察官即會同死者家屬進行複驗，為減少事後發生爭議的可能性，採公開、透明調查方式，由死者家屬檢視遺體、現場觀察涉案雙方船隻、檢視相關證據資料，並保障死者家屬及其委任律師陳述意見的機會；今日相驗過程中，因死者家屬稱對死因暫不表示意見，故檢察官將視情形決定是否安排解剖。
