三軍總醫院接受委託辦理法醫解剖鑑定及人才培訓業務，由病理部法醫師于承平、林佑俊負責法醫解剖鑑定，同時受聘為法醫研究所兼任研究員，提供士林地檢署委託之法醫解剖鑑定案件專業報告，協助檢察官釐清事實，也藉此促進國軍與司法的實質交流。
蔡清祥表示，三軍總醫院是繼中醫大、高醫大、成大醫院後，台灣第4個有法醫部門的教學醫院，北、中、南區法醫部門均勻設立，達成就近協助地檢署執行法醫鑑定，同時提高醫師接受培訓的意願。
徐衍璞表示，三軍總醫院對法醫人才的養成早在國防醫學院剛成立時就開始了，為了追上先進國家的技術發展，後期邀請時任國防醫學院生物解剖學科的醫師蕭開平，派往病理科研習法醫學，從事醫病理教學及相關業務。
2015年，國防部軍醫局與法務部合作，派員薦送病理科醫師林佑俊至美國邁阿密大學醫學院，戴德郡法醫病理中心，接受法醫解剖專業訓練。
這些年的努力，透過與法醫研究所、士林地檢署簽訂三方合作協議書，除了在醫學中心精進專科醫師訓練品質，更整合了軍陣醫學與法醫病理研究量能，提升台灣法醫鑑定品質與效率。
