這次0403花蓮大地震共造成傾倒建物18件，其中9棟為紅色危樓，3棟被結構技師開黃色單子，縣府動員78名技師，啟動「災後危險建築物緊急評估程序」，依法撤離252人。
此外，慈雲山納骨塔也因強震造成災損，不少先人骨灰罈被震落在地上，滿目瘡痍；吉安鄉公所表示，即日起關閉慈雲山納骨堂設施，並將進行清整盤點作業，對於造成不便請家屬見諒。
花蓮市國立花蓮女中也傳出嚴重震損，綜合大樓一樓水泥塊剝落、鋼筋扭曲外露，2至4樓無法使用。校長詹滿福表示，該大樓是辦公室與專科教室，幸好地震發生時沒有學生在內，其他教室由校方緊急撤離疏散，幸未有學生受傷。
另，昨天下午台11線39K磯崎村高山飛魚附近道路，傳出大規模崩塌情形，道路中央出現好幾個天坑，豐濱鄉長邱福順表示，公所已經派怪手、重機具搶修，光豐公路、瑞港公路也封閉禁止通行；此外，豐濱鄉天空步道因嚴重落石，步道上滿目瘡痍，堆滿大小石頭，玻璃步道區也砸落無數落石，已緊急拉起封鎖線，禁止遊客進入，以免發生受傷事故。
