陳彥元於去年2月就任台北市衛生局長，是蔣萬安市府最後到任的一級局處長。陳過去是台大醫院醫學院附設醫院教學部主治醫師，上任局長後，至今仍擔任台北市醫師公會執行長，並是公會中編輯委員會召委，以及第5分區（台大醫院）的會員代表。
爆料指出，台北市醫師公會擁有超過萬名會員，督導機關即是台北市衛生局。按照公會選舉相關規定，公會會選出理事長後，由理事長提名1名擔任執行長，而現任第20屆理事長為理事長洪德仁，即是提名陳彥元擔任執行長者。
依照《公務人員服務法》規定，公務員兼任教學或研究工作或非以營利為目的之事業或團體職務，應經服務機關（構）同意；機關（構）首長應經上級機關（構）同意。但台北市醫師公會屬職業公會，且依照《公務人員服務法》第15條規定，對公務員其本職性質有妨礙或有利益衝突者，不得為之。
爆料指出，陳上任1年多來，依然照樣出席醫師公會活動，並支領出席費，令人質疑有利益衝突等問題。
本刊調查，上屆理事長的前民進黨立委邱泰源，現為榮譽理事長，他在醫師公會簡介中，就提到該會目的不僅是照顧、維護醫師的權益，「對攸關全民健康的醫療政策也多加鑽研，透過民意代表爭取對全民醫療環境有利的修法等。」
對於陳彥元擔任醫師公會理事長，是否有球員兼裁判的問題，北市府回應表示，陳彥元局長兼任台北市醫師公會執行長係兼任社團法人不定時活動職務，自上任後均簽陳市府同意，符合公務員服務法規定，無利益衝突問題。
