2014年6月23日中午,張祥慧步行離開位於台北市長安東路的小英基金會後,遭疾行而來的機車撞上,頭部受創被送往中興醫院搶救,歷經兩次手術轉進加護病房靜養觀察。 時任台大醫師的民眾黨前主席柯文哲曾表示,他的學生剛好負責照顧張祥慧,曾特別囑咐妥善照顧,「撞得還滿嚴重的!」 張祥慧與蔡英文同為英國倫敦政經學院校友,並於1995年蔡英文擔任公平交易委員會委員時熟識。政黨輪替後,蔡英文陸續出任陸委會主委、行政院副院長、民進黨主席,再到2012年總統大選,張祥慧都是蔡英文最親近的核心幕僚。