菅原道真被稱為平安時代三大怨靈之一。他的故事以及從怨靈傳說到學問之神的轉化，可以看到日本歷史上如何處理政治上的含冤而死者，除了恢復生前官職與名譽外，透過祭祀將復仇的怨靈，轉換為保護蒼生的神明，則是更高明的安撫。
根據伊文·莫里斯《高貴的失敗者》書中對菅原道真的敘述，他的悲劇在於打破當時藤原北家一族與天皇聯姻獨攬大權的模式，而以一學者身份深獲宇多天皇信任，對藤原氏家族利益產生威脅。
等到宇多天皇退位給醍醐天皇，藤原氏領袖藤原時平與其他貴族發動攻擊。他秘密警告醍醐天皇，菅原道真將聯合宇多太上皇，罷黜醍醐天皇，讓太上皇另一子齊世親王即位，齊世親王的妻子就是菅原道真的女兒。藤原時平還以數週前的日蝕現象，認為這是月亮遮蔽太陽的預兆。
十七歲的醍醐天皇相信危機已近，於是將菅原道真從太政官貶為大宰權帥，流放到九州太宰府，兩年之後去世。
菅原道真流放後有幾個傳說，後來都成為典故。一是，流放前他和自己珍愛的梅樹道別，而在太宰府時，他寫的詩句提到同一株梅樹：「東風若吹起，務使庭香乘風來。吾梅縱失主，亦勿忘春日。」於是這株梅樹連根拔起飛往九州，伴隨被貶的主人。現在不論在太宰府的天滿宮或京都的北野天滿宮，都可以看到名為「飛梅」的梅樹。
另一個傳說是，當菅原道真的棺木要運到墳場時，馱運遺體的牛因為過於悲傷而躺在路中間，於是大家決定將菅原道真葬於該處。現在北野天滿宮內，還有著各式各樣的牛的造像。
伊文·莫里斯認為菅原道真死後名聲更為顯揚，是因為日本人對於失敗的悲劇英雄，有種美學式的同情。他說，菅原道真生前，特別是其死後，所代表的悲劇英雄迷思，展現了日本版本的墜落人間的神祇，他在重生以後進入完美的世界，也就是他在人間所嚮往之處。
不過值得探究的恐怕不僅於此。菅原道真死後發生一連串詭異事件，這在相信怨靈與御靈信仰的平安時代，被認為是菅原道真的雷霆之怒，要向政敵復仇。
這些事件包括，909年政敵之一藤原時平突然猝死，913年另一政敵源光狩獵時溺死泥沼。923年醍醐天皇皇子保明親王薨逝。最著名的是930年清涼殿落雷事件，朝議中落雷擊中宮殿，大納言藤原清貫當場死亡，醍醐天皇也受到驚嚇，三個月後崩逝。
在山下克明所寫的《發現陰陽道：平安貴族與陰陽師》一書裡，他提到日本古代的災害觀，是指鬼神之所為。神明一方面為人民帶來種種福利，但也會因為震怒帶給人們危害。而與神明作祟相似的是，對怨靈的恐懼。
785年桓武天皇的心腹重臣藤原種繼遭到暗殺，皇太子早良親王受到連坐而被廢，在流放到淡路國途中絕食而死。而後桓武天皇的親近之人接連死亡，在早良親王之後被任命爲皇太子的安殿親王病重，占卜的結果是早良親王的怨靈作祟，於是幾度舉行鎮魂儀式，追贈「崇道天皇」。
在菅原道真的案例裡，也是以追贈官職與祭祀，作為平反與鎮魂的方式。923年保明親王去世後，開始恢復他的右大臣官職，追贈正二位。993年追贈正一位左大臣，同年追贈太政大臣。
也是在923年，醍醐天皇下令將所有與菅原道真受誣陷有關的資料付之一炬。
至於祭祀菅原道真的北野天滿宮。根據林屋辰三郎《京都》一書，在祭祀菅原道真之前，北野祭祀的是農業社會關係密切的雷神，古人通過雷鳴，才知道神在天上。如果伴隨雷鳴，同時又獲得甘霖，那麼天神就是雷神了。不過雷神也有其雙面性，一方面能給苦於乾旱的農民帶來瑞雨，另一方面也帶來雷擊等恐怖現象。如果加上政治失敗者的怨靈，人們對雷神的看法就從農業神轉變成可怕的怨靈。
947年祭祀菅原道真的北野天滿宮開始建立。因為火雷天神而被稱為「天神」的菅原道真，神格也很快轉換，從農業神轉為如他生前形象的學問、文化與藝術之神。
從故事線來看，這是受政治迫害者，生前含冤莫白，死後獲得靈力報復政敵，而後統治者為了安撫具有破壞性的亡靈，將祂視為神祇予以供奉，而後轉化為守護者的過程。
但是就如曾寫過怨靈、忍者等書的學者山田雄司所言，怨靈在現代的感覺是充滿神秘主義的，但是在歷史上和精神上，是「人們的心靈所創造出來的」。
從信仰的角度，平安時代御靈信仰，相信怨靈必須鎮魂祭祀，以免災害繼續發生。但從統治技術來看，在天有異象災害不斷發生之時，一方面是神明的示警與憤怒，這主要針對的是統治者；而對含冤而死的怨靈，其報復對象是構陷他的人，這些政敵紛紛死於非命，而政府則以恢復與追贈官職來彌補當時的錯誤，這在人心不穩政局動盪之時，提供了明確的理由與解決之道。
而這樣的彌補，其實並非現代所想像的，冤屈得雪正義伸張後，一切真相大白。醍醐天皇在恢復菅原道真官職時，同時將所有密告資料燒毀。這個動作頗引人遐思，這是認為菅原道真過去的罪名是錯誤的？還是隱藏參與誣陷菅原道真的群體？問題是誰有可能去追究當年真相？所以也許這更近於對怨靈的恐懼，而回收導致這一連串不幸的前因。
也許不是有意為之，但後來形成這樣的結果。御靈信仰的背後，也是人為造神的過程，統治者將恐怖的怨靈賦予神格安棲在神社之中，接受人們崇敬禮拜，如此馴化祂原初的憤怒與恐怖，而成為穩定社會的力量。
現在京都人親切的稱呼菅原道真為「天神桑」，像是家中長輩一樣。北野天滿宮的御神籤，也跟其他寺廟論斷吉凶的風格不同，充滿著諄諄教誨。
這次在北野天滿宮我抽了一支籤，上面寫著「心中所燃的燈火，往往反而灼傷自己。」這裡的燈火並非光明的象徵，而更像執著之火。
在鎌倉時代的「北野天神緣起繪卷」裡，曾描繪天神桑在流放地獨坐在綴有菊花紋章漆器前，看著紅色宮廷官袍的畫面。這應該是來自他的詩歌：「去年今夜侍清涼，秋思詩篇獨斷腸。恩賜御衣今在此，捧持每日拜餘香。」
天神桑也許在流放時也曾被執著之火所傷，如今他體驗過的心緒，反而轉變為教化世人的警世格言。
現在的菅原道真如同具有多重寓意的文化符號。他能引起人們對於高貴失敗者的憐惜，同時也是希望精進學問與藝文者的護佑之神，他傳說中的咒術，則可以給他所護佑的創作者如《咒術迴戰》許多啟發。
面對政治暴力的冤死者，現在許多國家依然採取壓制方式，假裝不曾發生。平安時代對怨靈的看法，則是承認冤屈與憤怒，並相信怨恨具有復仇的力量，如此統治者必須解決，以避免災禍持續。
但是醍醐天皇燒毀祕密檔案的手法，則是古今一致。
